Anaconda开发环境

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Anaconda介绍

Anaconda（官方网站）就是可以便捷获取包且对包能够进行管理，同时对环境可以统一管理的发行版本。Anaconda包含了conda、Python在内的超过180个科学包及其依赖项。

套件管理

显示已安装的套件

conda list
pip list

套件安装

conda install packages # pip可以安装一些conda安装不了的包
pip install packages [-i https://pypi.douban.com/simple] # -i部分临时指定pip源
easy_install 参数 packages
python setup.py install # 下载源码，进入到源码路径下

国内的pip源

阿里云 https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/

中国科技大学 https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/

豆瓣(douban) https://pypi.douban.com/simple/

清华大学 https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/

pip install xx -i http://pypi.douban.com/simple/ --trusted-host=pypi.douban.com/simple

从Anaconda.org安装套件

# 如果一个包不能使用conda安装，可在Anaconda.org查找
# 在左上角的叫“Search Anaconda Cloud”搜索框中输入“包名”并点击search按钮
conda install --channel https://conda.anaconda.ort/pandas bottleneck # 安装bottleneck包

删除套件

conda/pip uninstall packages
easy_install -m packages

查找套件

conda search packages

pip管理

升级

# 试用linux, win下可能会因为权限升级失败
pip install --upgrade pip

# win或linux
python -m pip install --upgrade pip

如果不小心删掉了pip，可以用以下命令安装

python -m ensurepip --default-pip

安装

基础准备(centos7环境)

• 安装wget命令：yum -y install wget

• 安装git相关

  # 安装git
  yum install git -y
  
  # 安装git lfs（大文件下载）
  curl -s https://packagecloud.io/install/repositories/github/git-lfs/script.rpm.sh | sudo bash
  yum install git-lfs
  git lfs install

• 安装OpenSSL和libssl-dev

  yum install openssl
  yum install openssl-devel

• 安装gcc：yum install gcc

安装步骤

# 安装anaconda环境
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2023.07-2-Linux-x86_64.sh
chmod +x Anaconda3-2023.07-2-Linux-x86_64.sh
./Anaconda3-2023.07-2-Linux-x86_64.sh

# 创建自己的python环境
conda create -n gpt310 python=3.10 anaconda

虚拟环境管理

使用Anaconda Prompt 管理虚拟环境

新建虚拟环境

添加后缀 “anaconda”或“biopython”可以创建一个基本科学计算功能完备的环境

conda create -n 环境名 python=3.7 anaconda

切换虚拟环境

source activate snowflakes # Linux，OS X
activate snowflakes # Windows

关闭虚拟环境

source deactivate # Linux，OS X
deactivate # Windows

查看所有的虚拟环境名称

conda info -e
conda env list

移除虚拟环境

conda remove -n 虚拟环境名称 --all

复制虚拟环境

conda create -n 虚拟环境名称 --clone root

IPython 交谈式命令窗口

• cmd中python模式的加强版

• 观看先前输入的程序代码 history

• 查询使用说明 ?加在命令后面

• 简易智能输入

• 执行python档案 %run 档案路径

更新conda本身

conda update conda

更新anaconda 应用

conda update anaconda

更新python

假设当前python环境是3.6.1，而最新版本是3.6.2，那么就会升级到3.6.2

conda update python

conda源管理

查看当前源信息

conda info

关注 channel URLs 字段内容

添加一个镜像

# 添加镜像
(base) C:\Users\hyc>conda config --add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/'

# 设置搜索时显示channel地址
(base) C:\Users\hyc>conda config --set show_channel_urls yes

删除一个镜像

# 注意链接要有引号，英文输入法
(base) C:\Users\hyc>conda config --remove channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/'

查看conda的镜像

conda config --show-sources
conda config --show channels

删除所有镜像

conda config --remove-key channels

以上操作可以直接编辑.condarc文件完成

ssl_verify: False
proxy_servers:
  http: http://192.168.4.80:3128
  https: http://192.168.4.80:3128
channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - defaults
show_channel_urls: True

其他管理

运行环境分享

执行如下命令可以将当前环境下的 package 信息存入名为 environment 的 YAML 文件中

conda env export > environment.yaml

使用yaml文件创建环境

conda env create -f environment.yaml

国内常见源

• anaconda conda 切换为国内源

• Anaconda 镜像使用帮助

• 国内可用Anaconda 源的镜像站及换国内源方法

linux可行

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yes